El sistema de contención de biofiltro más rentable para tratar grandes caudales de aire es un tanque realizado con pared modular de aluminio. El tanque resultante se impermeabiliza con geomembrana plástica soldada en obra.
El sistema de contención del biofiltros deberá ser un reactor cerrado ya que en caso contrario el riego estaría controlado por las condiciones meteorológicas y la dispersión de olores sería muy pobre. La cubierta posibilita la canalización de las emisiones a través de una chimenea y la toma de muestras. La dispersión de olores es habitualmente mejorada al incrementar la altura del punto de descarga a la atmósfera y la velocidad del aire. Es un sistema modular que permite su fácil ampliación si fuera necesario.